Für den schnellen Personenverkehr zwischen Warschau und Krakau benötigte die PKP Ende der 1980er-Jahre eine neue Lokbaureihe, die den Beanspruchungen des dauerhaften Verkehrs mit 160 km/h gewachsen war. Die ab 1973 aus der EU05 umgebauten Maschinen der Reihe EP05 waren zahlenmäßig begrenzt und in die Jahre gekommen. Daher konstruierte Pafawag in Breslau einen neuen Loktypen 104E. Die Maschinen erfüllten die in sie gesetzten Erwartungen umfänglich, sodass die PKP bis 1997 noch 45 weitere Maschinen erwarb. Die EP09 wurde flächendeckend eingesetzt und verdrängte die EP05 fast vollständig.